Debido a las graves afectaciones a la salud humana provocadas por enfermedades relacionadas con la contaminación ambiental, el Gobierno Federal ha reconocido a la Cuenca del Alto Atoyac como una Región de Emergencia Sanitaria y Ambiental (RESA). Otra fuente importante de contaminación ambiental en la CAA, son los plaguicidas y fertilizantes sintéticos, ya que el área agrícola cubre aproximadamente el 60% de la Cuenca y los agroquímicos son ampliamente utilizados en los cultivos. Descarga del río Atoyac en la Presa Valsequillo (Puebla) 5
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